Bundibugyo-viruksen torjunta on erityisen haastavaa, koska siihen ei ole tällä hetkellä saatavilla hyväksyttyjä rokotteita tai hoitoja, toisin kuin yleisempään ebolavirukseen.

Ehkäisytoimet ovat riittämättömiä monissa terveydenhuollon laitoksissa, jotka ovat ennestään aliresurssoituja. Alue on hyvin turvaton, ja merkittävä määrä ihmisiä liikkuu aseellisten konfliktien sekä kaivostoiminnan ja kaupan vuoksi paikasta toiseen Etelä-Sudanin ja Ugandan vastaisilla raja-alueilla. Tämä saattaa kiihdyttää leviämistä ja hankaloittaa epidemian rajoittamista.

Myös diagnostiikkaan liittyy haasteita. Bundibugyo-viruksen tunnistamiseen tarvittavista testipakkauksista on pulaa, mikä hidastaa huomattavasti tapausten vahvistamista ja näin ollen tartunnanjäljitystä, potilaiden eristämistä ja hoitoa.